鱼菜共生的技术原理就是自然界物质循环的方式之一（图1），即以水为媒介，建立水产养殖动物与植物，植物与微生物以及微生物与微生物之间的互利共生机制，
以促进微生物对养殖有机废弃物的矿化分解和植物对营养物质的吸收利用，从而实现“养鱼不换水而无水质忧患，种菜不施肥而正常成长”的生态共生效应。
鱼菜共生系统中，随着鱼类排泄物和饲料残渣的增多，异养微生物（包含氨化菌）首先开始繁殖，有机废物被分解并矿化为小分子营养物质，为自养菌（包含硝化细菌）的繁殖提供了条件。其中，有机物质当中的含氮物质经氨化作用转化为氨氮（NH3-N），在硝化细菌的作用下，NH3-N被氧化为NO2-N，并进一步被氧化为NO3-N，致使NH3-N以及NO2-N含量逐渐下降并趋于零，而NO3-N含量逐渐上升。此时，微生物的代谢旺盛，系统对有机物质的净化能力强。故NO3-N的出现是系统微生态开始建立的主要标志。养殖有机废弃物在微生物的作用下被逐级矿化，继而成为养分被植物根系吸收，从而实现对养殖水体的净化。
目前的鱼菜共生案例中了解，对于蔬菜品种的选择原则：容易成活为主。从目前的实际案例，基本以绿叶的蔬菜为主，西红柿、黄瓜、茄子、草莓、西瓜、平菇、香菇、木耳、生菜、木耳菜、油菜、菠菜小白菜、油麦菜等。这些在种植过程中还是比较容易得，但实际的市场价格并不高。看重是就是是否容易成活，这一点很重要。鱼菜共生模式，对于农业整体发展而言，这个确实是不错的。但现在对于鱼菜共生模式而言，鱼菜共生设备，主要还是以鱼为主，才为辅。对于这一点，还是与实际的国情有关系。尤其是传统蔬菜种植的规模还是比较大的，蔬菜价格就一般了。它的整体发展还需要很大的时间和空间，也是算是农业发展的一部分。
鱼菜共生国内现状
国内专注鱼菜共生领域的农业公司还不多。很多农场只是把鱼菜共生作为三产概念引入农场，并没有实际采用鱼菜共生技术进行大规模栽培和向市场供应蔬菜和水产。耕作体系模式：
闭锁循环模式：养殖池排放的水经由硝化床微生物处理后，以循环的方式进入蔬菜栽培系统，经由蔬菜根系的生物吸收过滤后，又把处理后的废水返回养殖池，水在养殖池、硝化床、种植槽三者之间形成一个闭路循环。
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