工厂化水产养殖系统的配置应与对应鱼种的适应环境相匹配。以全封闭的循环水养殖系统为例，整个大系统包括钢结构系统、土建系统、管道系统、机械过滤系统、动力设备、杀菌系统、恒温系统、生物过滤系统、增氧系统、水质监控系统、生物动态监控系统、自动喂食系统、污水处理再利用系统、照明系统、电气自动化控制系统等。如果要实现更高层次的自动化管理，还可以增加远程信息传输及控制（互联网）、太阳能发电系统、鱼菜共生系统、生物饵料培育系统等。
有了循环水养殖系统，低风险、益的工厂化水产养殖便有了基本保障。因为系统的正常动作需要操作者的管理和协作，同时水产生物从孵化到成长为待售的成鱼，是一个漫长而复杂的过程，在这个过程中，有一些突发或不可控因素同样会影响到养殖业主的经济效益。如鱼类突发疾病，或是养殖场突然停电，这就需要渔场管理者具备的应对突发事件的能力，同时要有相应的风险控制措施。
另外，的水产养殖技术也是不可或缺的。如何针对不同的鱼种进行繁育和养殖，以期达到很好的收益，需要养殖主具有的水产养殖知识。只有经过大量的实践和科学验证的技术才能保证水产养殖场的终赢利。
，循环水处理系统、渔场管理、水产养殖技术是为新型工厂化水产养殖的三大要素，软件与硬件都是必需的。
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活性污泥法
活性污泥法处理系统是污水生物处理技术的主要技术之一，它是由好样微生物及其吸附黏附的有机物质和无机物质所组成，具有吸附和分解水中有机污染物的能力，显示其生物化学氧化活性。在传统的活性污泥法上发展成氧化沟间歇式活性污泥法(SBR)和AB法处理工艺等，Meske等通过活性污泥法处理水产养殖循环用水研究表明，NH4 -N含量不能达到回用的要求，Umbl等在水产养殖排水沟渠中用接近SBR的操作方式进行好氧厌氧处理，效果良好，Nugual等用SBR法处理海水养殖废水，探讨盐度影响，结果表明，在盐度不是很高情况下，脱氮效果良好。
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循环水槽养殖量
建议在原池塘总体承载量的3—5倍。例如一张5亩池塘，原产量在3000斤一亩，总产量15000斤。用循环水养殖可以达到5—7万斤。即只需要修建一条槽即可。切不可盲目求超高产而忽视
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